使用潔凈采樣車時，應提前50打開紫外線殺菌燈，處理凈化工作區內潔凈取樣車表面積累的微生物；30后關閉殺菌燈，啟動送風機。
新安裝的或長期未使用的潔凈采樣車，工作前要對潔凈取樣車和周圍環境,先用超凈真空吸塵器或不產生纖維的工具，認真進行清潔工作，再采用藥物滅菌法或紫外線滅菌法進行滅菌處理。
凈化工作區內嚴禁存放不要用的物品，以保持潔凈氣流流型不受干擾。凈化工作區內盡量減少作擾亂氣流流型的動作。
定期(一般每月1次)用風速計測量工作區平均風速，如發現不符合技術指標，應調節調壓器手柄，改變風機輸入電壓，使車處于一個良好的工作狀況。 潔凈采樣車的使用溫度應不大于50攝氏度。
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